一是着力提升海洋经济的自主创新和综合开发能力。与省科技厅联合共建浙江省海洋经济研究院，为尽快启动研究院筹建工作，建立了由市委副书记任组长的筹建工作领导小组，抓紧做好有关筹备工作。从2006年起分三年投入2000万元，专项用于浙江省海洋经济研究院建设。

　　二是努力增加科技经费投入，建立多渠道的科技投入体系。认真落实国家和省有关科技投入的法律法规和政策规定，积极引导企业加大科技特别是研发资金的投入，同时市财政也将进一步加大对科技创新条件建设的投入。

　　三是建立和完善科技进步和创新的激励机制。根据《舟山市科学技术奖励办法》规定，坚持两年一次的科技进步贡献奖和一年一度的科技进步奖评奖工作。从2006年起，市财政每年安排100万元用于建立舟山市海洋科技自主创新专项奖励资金，鼓励科学技术创新，以进一步调动该市科学技术工作者的积极性和创造性，促进科学技术起步和社会经济全面发展。